一是目的不同。保健食品不是以治疗疾病为目的，而是侧重于调节人体的某种功能。药品则具有明确的目的，是用以诊断、预防，或治疗疾病的。

二是生产工艺和质量控制的要求也不同。保健食品主要侧重于食品的安全性，其生产条件只需要符合相应的食品生产企业的卫生要求即可。药品的生产条件和工艺要求十分严格，具有严格的GMP标准。

三是产品的功能是否经过临床对照观察。保健食品要求较低，不需要临床观察便可通过批准上市。药品直接关乎疾病的诊断、预防和治疗效果，必须具备令人信服的临床对照观察结果作为支撑，才有可能被批准上市。

四是实际功效不同。大多数保健食品不能明确其功效成分，因此它不可能以预防或治疗疾病为目的，只是侧重于调节机体某种功能。药品则应有严格的适应症和确切的疗效。

综上所述，保健食品和药品之间有着很大的差别。譬如，某些保健食品中虽然含有维生素C，但是其中维生素C的含量、保存率、作用大小、可信程度与OTC（非处方药）还是有着天壤之别。