故宫博物院于抗日战争的前夕，选择重要文物南迁。1948年底，人民解放战争胜利在即，国民政府令故宫博物院挑选贵重文物以军舰转运台湾。原故宫博物院文物分3批运走2972箱。一起运台的还有中央博物院筹备处文物852箱及其他单位文物。文物运台后，先存台中市，租借台中市糖厂仓库存放。
　　1950年4月，台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成，运台文物随即迁入新库存贮。1957年，在亚洲协会赞助下，在库房之外又建一小型陈列室，公开展览所藏文物。1965年，在现址建成新馆。新址为纪念孙中山先生百岁诞辰，命名为中山博物院。台湾“行政院”公布了《国立故宫博物院临时组织规程》，规定设置国立故宫博物院，中央博物院筹备处文物由故宫博物院保管使用，将来国家统一后，迁台文物仍交回原博物院。
　　中央博物院归并故宫博物院后，故宫博物院全部文物由台中运至台北中山博物院，以此作为院址，1965年11月12日正式开幕。至此，运台文物才得到一个适当的保存环境。运台文物主要为书画、铜器、瓷器、玉器、漆器、珐琅、雕刻、文具、图书、文献及其他工艺品，初为230863件，中央博物院并入后，增至242592件。连同整理后的档案30余万件及受赠、收购1万余件，目前共有60万件。